¿Cómo el estudio del ADN ha contribuido a dilucidar el origen genético del mexicano?

1. Introducción

1.1 La paleogenética y su relevancia para la ascendencia mexicana

Antes de entrar en materia, conviene detenerse en una idea clave: el ADN funciona como un archivo biológico. En él quedan rastros de nuestra historia evolutiva que no siempre aparecen en crónicas, monumentos o restos materiales, pero que permiten reconstruir partes enteras del pasado.

La paleogenética, también llamada análisis de ADN antiguo, estudia el material genético recuperado de huesos, dientes y otros restos arqueológicos (Wielgus et al., 2023). Dicho de otro modo, permite averiguar quiénes fueron nuestros antepasados, cómo se movieron y con qué otros grupos se relacionaron (Lalueza-Fox, 2018). Gracias a estas técnicas (Fig. 1), hoy sabemos que muchas poblaciones actuales conservan huellas genéticas de procesos ocurridos hace miles de años. Por eso, la paleogenética se ha convertido en una herramienta decisiva para contar la historia humana desde una perspectiva nueva y profundamente reveladora (Domínguez, 2024).

Figura 1. Paleogenómica. Principales pasos metodológicos para la obtención, amplificación y análisis de ADN antiguo (imagen generada con GoggleIA_Nano Banana2).

Por ejemplo, al analizar genomas antiguos de entre 700 y 8 000 años, Lazaridis et al. (2014) encontraron evidencia de que los europeos actuales descienden de tres grandes poblaciones ancestrales:

1.      Cazadores-recolectores de Europa occidental, que aportaron ascendencia a todos los europeos, pero no a los habitantes del Cercano Oriente;

2.       Antiguos euroasiáticos del norte, relacionados con los siberianos del Paleolítico Superior, contribuyeron tanto a los europeos como a los habitantes del Cercano Oriente; y

3.      Los primeros agricultores europeos, que eran principalmente del Cercano Oriente, que también albergaban ascendencia relacionada con los cazadores-recolectores de Europa occidental.

Los estudios de paleogenómica resaltan cómo el ADN antiguo ayuda a esclarecer las rutas migratorias históricas, los eventos de mestizaje y la dinámica poblacional. Por ejemplo, los estudios realizados en la población mexicana muestran que más del 60% de los linajes maternos son de origen indígena, lo que subraya la profunda herencia nativa americana que persiste en la población contemporánea (León, 2024). Esto resalta la importancia de la paleogenética para descubrir las capas de herencia genética que han aportado en la construcción de las identidades culturales (los genes son un factor que interactúa con diferentes elementos -sociales, culturales y ambientales- para definir la estructura étnica de la población). En la Tabla 1 se muestran otras aplicaciones de la paleogenómica para estudios.

2. El complejo origen de los mexicanos

La explicación tradicional dice que los mexicanos somos el resultado de una mezcla entre pueblos indígenas y españoles. Pero cuando la genética entra en escena, el relato se ensancha. Esa mínima parte del genoma en la que se concentran nuestras diferencias también guarda rastros de migración, aislamiento, adaptación y mezcla. En el caso de México, esos rastros abren una ventana a un pasado mucho más complejo de lo que suele contarse (TecScience, 2026).

Durante mucho tiempo, la historia oficial de México se relató el como choque de dos mundos ocurrido en 1519. De un lado estaban los pueblos indígenas, herederos de civilizaciones como la mexica y la maya; del otro, los conquistadores españoles. Supuestamente, de esa mezcla nació la figura del mestizo como explicación del origen nacional.

Sin embargo, los estudios genéticos recientes han complicado profundamente esa narrativa. Actualmente sabemos que la población mexicana no es únicamente el resultado de la mezcla de dos ingredientes mezclados, en proporciones iguales, sino el resultado de al menos 12,000 años de migraciones, fusiones, conquistas, epidemias y transformaciones genéticas que no aparecen en los textos escolares.

2.1 Las primeras migraciones y el inicio de nuestra identidad

Para entender lo que el ADN ha revelado sobre los mexicanos, hay que retroceder mucho más allá de la Conquista. Hay que remontarse a la última glaciación, cuando el nivel del mar bajó tanto que surgió un puente natural entre Siberia y Alaska. Por allí entraron los primeros grupos humanos al continente americano hace entre 15,000 y 20,000 años (Fig. 2A) introduciendo al continente americano parte del ADN de dos poblaciones arcaicas: los neandertales y los denisovanos (Fig 3). Después de la primera expansión, hubo una segunda ola migratoria desde Norteamérica hacia el sur, hace unos 9,000 años, que dejó una huella genética muy fuerte y que, en gran parte de Sudamérica, reemplazó casi toda la herencia genética de poblaciones anteriores (Fig. 2B). En este estudio también se identificó una tercera ola migratoria, hace unos 1 300 años, de poblaciones desde Mesoamérica, en particular del sur de México, hacia Sudamérica y el Caribe (Fig. 2C), lo que revela una conexión más reciente y dinámica entre estas áreas de lo que se pensaba hasta ahora (Moreno-Mayar et al., 2018).

El estudio de Castro e Silva et al. (2026) indica que, con algunas excepciones en el Ártico, los pueblos indígenas americanos actuales descienden de los grupos que cruzaron por Beringia hace unos 15,000 años. Sin embargo, ese no fue un proceso lineal ni uniforme. También se han propuesto desplazamientos posteriores desde el norte hacia el sur, además de rutas costeras por el Pacífico. En otras palabras, el poblamiento de América no fue una sola marcha continua, sino una serie de movimientos humanos que, con el tiempo, dejaron una gran diversidad genética en el continente y también en México (Moreno-Mayar et al., 2018).

Figura 2. Representación esquemática de los procesos de dispersión y divergencia humana en las Américas, ordenados cronológicamente. (A) Entrada inicial en la Beringia oriental y luego hacia la América del Norte no glaciada, ~25 000 años a ~13 000 años. (B) Período de dispersión a lo largo del hemisferio, ~14000 años a ~6 000 años. (C) Expansión poblacional desde Mesoamérica en algún momento después de ~8 700 años. Estos grupos se desplazaron hacia el norte hasta la Gran Cuenca, provocando un reemplazo poblacional después de 2 000 años. En Sudamérica, esa expansión contribuyó a la ascendencia de la mayoría de los grupos sudamericanos (modificado Moreno-Mayar et al., 2018).

Entonces, los ancestros de los pueblos que eventualmente habitaron lo que hoy es México no llegaron de un solo lugar ni en un solo momento, vinieron en múltiples oleadas de pobladores asiáticos que se separaron del resto de la humanidad hace 20 000 y 35 000 años y pasaron siglos aislados en las estepas siberianas antes de cruzar al continente americano (Figs. 2 y 3).

Figura 3. Reconstrucción estética de poblaciones arcaicas que dieron origen a los ancestros de los grupos humanos que llegaron a América por Beringia: los neandertales (tomado de NatGeo, 2026) y los denisovanos (tomado de Strickland, 2018).

Otro gran momento de cambio ocurrió hace unos 10,000 años, cuando el clima se transformó, desaparecieron muchos grandes mamíferos y distintos grupos humanos comenzaron a domesticar plantas como el maíz en el Valle del Balsas, en el actual Guerrero (Fig. 4A). Ese paso de grupos nómadas a sedentarios no solo modificó la alimentación y la economía a nivel mundial: también cambió la genética de las poblaciones. Cuando los grupos humanos se vuelven sedentarios, crecen con más rapidez, se expanden y transmiten sus linajes a nuevas regiones. La agricultura, en ese sentido, no solo sembró alimentos (Fig. 4B); también ayudó a redistribuir genes.

Figura 4. Domesticación del maíz. A, Con base en evidencia genética, en 1939 se propuso que los teocintles son los ancestros directos del maíz, aunque sean morfológicamente diferentes. Por un lado, el teocintle tiene múltiples ramas con numerosas espigas (inflorescencias masculinas) y pequeñas mazorcas (inflorescencias femeninas), mientras que el maíz generalmente tiene un solo tallo, una espiga terminal y unas pocas ramas laterales sobre las cuales crecen las mazorcas. B, Principales centros de domesticación de plantas en el mundo (tomado de Corona y Hernández, 2026).

2.2 El territorio precolombino

Mucho antes de que llegaran los españoles, el territorio que hoy llamamos México ya era un espacio en movimiento. Civilizaciones como la olmeca, la teotihuacana, la maya y la mexica no solo intercambiaron mercancías, ideas y poder; también pusieron en circulación personas y, con ellas, genes. Detrás de las rutas comerciales, las alianzas y las conquistas, también había desplazamientos humanos, mezclas de población y nuevas capas de diversidad.

Por ello, antes de la llegada de los españoles, el genoma de los pueblos indígenas de México ya no era homogéneo, sino el resultado de la superposición de múltiples linajes acumulados durante milenios de historia mesoamericana (Fig. 5; Castro e Silva, 2026). Cada civilización dominante dejó una huella genética propia y, sobre ese entramado previo, se incorporaron después las poblaciones llegadas de Europa.

Figura 5. Principales linajes genéticos acumulados durante milenios de historia mesoamericana antes de la llegada de los españoles (modificado de Castro e Silva, 2026).

3. Colonización, mestizaje y transformación genética

La llegada de Hernán Cortés en 1519 no solo reordenó el poder en Mesoamérica. También cambió, de manera radical, su mapa biológico. En ese momento, el territorio que hoy conocemos como México estaba habitado por unos 15 a 25 millones de personas; hacia 1650, esa cifra había caído a unos 1.2 y 2.5 millones. La guerra fue parte del desastre, pero no toda la historia. Enfermedades como el sarampión, la viruela (Totomonaliztli) y el tifus (Matlazáhuatl) irrumpieron en poblaciones sin defensas inmunológicas frente a esos patógenos (Fig. 6; Trujillo y González, 2026).

Lo que siguió fue una de las mayores catástrofes demográficas de la historia humana. En algunas regiones murió hasta el 90% de la población en apenas dos generaciones. Desde el punto de vista genético, eso tuvo un efecto enormco. En ese momento, el territorio que hoy conocemos como México estaba habitado por unos 15 a 25 millones de personas; hacia 1650, esa cifra había caído a unos 1.2 y 2.5 millones. La guerra fue parte del desastre, pero no toda la historia. Enfermedades como el sarampión, la viruela (Totomonaliztli) y el tifus (Matlazáhuatl) irrumpieron en poblaciones sin defensas inmunológicas frente a esos patógenos (Fig. 6; Trujillo y González, 2026).

Lo que siguió fue una de las mayores catástrofes demográficas de la historia humana. En algunas regiones murió hasta el 90% de la población en apenas dos generaciones. Desde el punto de vista genético, eso tuvo un efecto enorme: cuando una población se reduce de forma tan drástica, muchos linajes desaparecen por completo y los supervivientes transmiten con mayor peso las variantes que lograron persistir. En cierto sentido, la epidemia también redibujó el mapa genético del país (McCaa, 1995).e: cuando una población se reduce de forma tan drástica, muchos linajes desaparecen por completo y los supervivientes transmiten con mayor peso las variantes que lograron persistir. En cierto sentido, la epidemia también redibujó el mapa genético del país (McCaa, 1995).

Figura 6. Imagen del folio 53v, en el que se muestra el impacto de las enfermedades europeas entre los indígenas mesoamericanos: “Tenían todo el cuerpo y toda la cara y todos los miembros tan llenos y lastimados de viruelas que no se podían bullir ni menear de un lugar, ni volverse de un lado a otro, y si alguno los meneaba daban voces” (Sahagun, 2023).

En consecuencia, el ADN de los mexicanos modernos refleja no solo la mezcla entre españoles e indígenas, sino también el efecto de un filtro demográfico brutal. Los genes que sobrevivieron al colapso del siglo XVI son, en gran medida, los que hoy circulan en la población mexicana; ese proceso eliminó para siempre una parte de la diversidad genética existente antes de la conquista. Además, la situación se vuelve aún más compleja si consideramos que los conquistadores no formaban un grupo homogéneo de castellanos, sino que procedían de una península ibérica moldeada durante siglos por celtas, romanos, visigodos, pueblos norteafricanos y civilizaciones islámicas (Barton, 2009).

Cuando se examina la herencia española en el ADN de los mexicanos, no aparece una sola Europa compacta y uniforme. Lo que emerge es una historia mucho más entrelazada: la península ibérica había recibido, durante siglos, aportes de pueblos mediterráneos, norteafricanos y del Oriente Medio. Así que los españoles que cruzaron el Atlántico ya traían consigo una herencia genética diversa. En otras palabras, incluso antes de llegar a América, ese componente europeo ya era un mosaico (Fig. 7; HH, 2022; Jiménez y Muñoz, 2015; López, 2021).

Figura 7. Historia de la ocupación de la península ibérica. A) Hispania, ocupación Romana hasta el año 27 A.C. (tomado de HH, 2022); B) Hispania, ocupación visigoda hasta el año 573 (tomado de Jiménez y Muñoz, 2015); C) península ibérica, ocupación musulmana en 4 etapas: 711,756, 929 y 1030, (tomado de López, 2021).

A ello se suma la llegada forzada de aproximadamente 200,000 personas africanas esclavizadas entre 1519 y el siglo XIX. Estas poblaciones se distribuyeron por distintas regiones del virreinato y, con el tiempo, se mezclaron con grupos indígenas y europeos. Como resultado, muchos de sus descendientes adoptaron identidades mestizas o indígenas y, en numerosos casos, se perdió la memoria explícita de ese origen. Estudios genéticos en la Costa Chica de Guerrero y Oaxaca, así como en estados del interior del país, han identificado porcentajes variables de ascendencia africana subsahariana en personas que no necesariamente reconocían esa herencia como parte de su historia familiar (Fig. 8; León, 2024).

Figura 8. Estructura de la población mexicana. Mapa de las poblaciones muestreadas y proporciones promedio de mezcla. Las áreas sombreadas indican los estados en los que se muestrearon poblaciones cosmopolitas, los gráficos circulares resumen las proporciones promedio por estado de las muestras cosmopolitas (europeas en azul, asiáticas en verde y africanas) (modificado de León, 2024).

De acuerdo con Moreno-Estrada et al. (2014), un estudio que integró datos genéticos con información geográfica y cultural mostró que entre los seris y los lacandones existen diferencias mayores que las observadas entre algunas poblaciones europeas y asiáticas. El análisis regional identificó, además, tres grandes agrupamientos genéticos: uno en el noroeste, otro en el sur de México y un tercero en la zona maya. Más tarde, en 2009, el Instituto Nacional de Medicina Genómica presentó oficialmente el llamado genoma del mexicano, un estudio pionero que abrió el camino para investigaciones posteriores con muestras de múltiples grupos indígenas del país (Fig. 9; Zolezzi et al., 2009).

Figura 9. Ascendencia genética indígena en diferentes regiones de México. Mapa de las poblaciones muestreadas y proporciones promedio de mezcla. Los gráficos circulares resumen las proporciones promedio por estado de las muestras cosmopolitas (europeas en rojo, africano en verde y nativo americano en gris). En las columnas se indica la proporción del legado indígena (amarillo: maya; azul claro: tarahumara; azul marino: purépecha) (tomado de Saavedra, 2024).

3.1 Migraciones posteriores y nuevas capas de diversidad

La historia genética de México no se detuvo en el virreinato. En los siglos XIX y XX siguieron arribando al país personas que también dejaron huella en su composición, aunque a menudo ocupan un lugar marginal en los relatos tradicionales. Entre 1880 y 1930, por ejemplo, miles de inmigrantes chinos arribaron atraídos por el ferrocarril y el comercio, sobre todo en regiones como Mexicali y la península de Baja California. También se asentaron comunidades libanesas, sirias y palestinas, muchas de ellas empujadas por la crisis del Imperio otomano. Más tarde llegaron judíos sefardíes, alemanes, republicanos españoles exiliados, japoneses, italianos y polacos, entre otros grupos.

Con el paso del tiempo, muchas de estas personas y sus descendientes se integraron plenamente a la vida social y cultural del país. Sin embargo, su presencia también dejó huellas genéticas que se sumaron a la ya compleja mezcla preexistente. Algunas de esas huellas son visibles en la memoria familiar o en los apellidos; otras permanecen silenciosas, pero siguen formando parte del mosaico genético de la población mexicana contemporánea.

3.2 Panorama genético actual de la población mexicana

Hoy, por primera vez, ese mapa genético puede observarse con una resolución inédita. En 2023 se puso en marcha uno de los estudios más ambiciosos del país, liderado por el Instituto Nacional de Medicina Genómica, con más de 10,000 muestras de ADN procedentes de 27 estados. Los resultados confirmaron algo clave: México no tiene un solo perfil genético, sino muchos. Los habitantes del norte difieren de los del sur, Yucatán conserva una fuerte ascendencia maya y Veracruz muestra porcentajes especialmente elevados de ascendencia africana (Saavedra, 2024). El estudio también reveló que buena parte de la población mestiza heredó su componente indígena de varios pueblos a la vez —entre ellos purépechas, zapotecas, totonacas y tarahumaras— y que su componente europeo no remite únicamente a Castilla, sino también al sur de España, Portugal y el Levante.

4. Conclusiones

Vista en conjunto, la evidencia genética obliga a revisar una de las ideas más repetidas sobre la identidad mexicana. El mestizaje no fue solo la suma de dos mundos, sino el resultado de al menos 12,000 años de desplazamientos, encuentros, pérdidas, resistencias y mezclas. En esa historia conviven migraciones asiáticas, desarrollos mesoamericanos, conquista española, esclavitud africana y oleadas migratorias más recientes. El ADN no dicta quiénes somos, pero sí permite seguir el rastro de la larga historia que nos formó. Definir esos linajes antiguos no solo cambia lo que sabemos del pasado: también cambia la manera en que entendemos el presente.

En pocos años, el campo del ADN antiguo ha pasado de ser una disciplina anecdótica y artesanal a convertirse en uno de los campos científicos más dinámicos, que está generando datos genómicos masivos de cientos de individuos del pasado. Estos incluyen desde homínidos extintos, como los neandertales o los denisovanos, hasta poblaciones humanas ancestrales que nos informan del poblamiento reciente de los continentes. La paleogenómica proporciona información directa, en el espacio y en el tiempo, de aspectos adaptativos y demográficos de las poblaciones humanas, y pone también de manifiesto patrones complejos de migraciones pasadas que nos ayudan a entender la diversidad actual.

5. Referencias

Barton, Simon (2009). A history of Spain (en inglés) (2.ª edición). Basingstoke: Palgrave Macmillan. ISBN 978-0230200111.

Castro e Silva, M.A., Nunes, K., Ribeiro, M.R. et al. (2026). The evolutionary history and unique genetic diversity of Indigenous Americans. Nature 653, 134–145. https://doi.org/10.1038/s41586-026-10406-w.

Corona Tejeda P., Hernández Cumplido J. (2026). Domesticación de plantas. Sabermas, UMICH. Consultado 06/05/2026.

Domínguez Álvarez Icaza, E. (2024). Paleogenómica: la vida y sus amenazas en el pasado. Ciencia UNAM-DGDC. Consultado 05/05/2026.

Historiadores Histéricos (HH). (2022). La Hispania Romana y la Monarquía Visigoda. Historiadores Histéricos.  Consultado 14/05/2026.

Jiménez M., Muñoz, A. (2015). Reino Visigodo. Historia del España. Consultado 14/05/2026.

Lalueza-Fox, C. (2018). A brief history of palaeogenomics. How a young discipline revolutionised the study of the past. Mètode Science Studies Journal, 8.doi: 10.7203/metode.8.9226

Lazaridis, I., et al. (2014). Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans. Nature, 513, 409–413. doi: 10.1038/nature13673 

León Sal, G. (2024). Genetics in Mexico In Mexicans DNA Indigenus, european and african. Ancestry-23&me-FTDNA-GEDmatch-DNA-andMore Open Discussion. Consultado 05/05/2026.

López C. 2021. La historia de al-Ándalus. Superprofs. Consultado 13/05/2026.

McCaa R. (1995). ¿Fue el siglo XVI una catástrofe demográfica para México? Una respuesta basada en la demografía histórica no cuantitativa. Cuadernos de Historia,15:123-136.

Moreno-Estrada A., et al. (2014). Human genetics. The genetics of Mexico recapitulates Native American substructure and affects biomedical traits. Science, 13;344(6189):1280-5. doi: 10.1126/science.1251688

Moreno-Mayar J.V., et al. (2018). Early human dispersals within the Americas. Science, 7;362(6419):eaav2621. doi: 10.1126/science.aav2621. 

NatGeo. (2026). Neanderthales. Temas Imprescindibles, National Geographic. Consultado 06/05/2026.

Saavedra D. 2014. Presumen mapa genético del mexicano. Reforma. Consultado 14/05/2026.

 Sahagún, Bernardino de, et al. (2023) Historia general de las cosas de Nueva España: libro 12. Disponible en Códice Florentino Digital/Digital Florentine Codex, editado por Kim N. Richter, Alicia María Houtrouw, Kevin Terraciano, Jeanette Peterson, Diana Magaloni y Lisa Sousa, lib. 12, fol. 53v. Los Angeles: Getty Research Institute. Consultado 14/05/2026.

Strickland P. (2018). Los misteriosos denisovanos se mezclaron con los humanos modernos más de una vez. CNN. Consultado 06/05/2026.

TecScience. 2026. Origen: la búsqueda del genoma mexicano. TecScience. Consultado 13/05/2026.

Trujillo Aguirre R.M.,  González Flores J.G. (2026). Las epidemias de viruela y tifo en el siglo XVIII.  Saber Mas. Consultado 12/05/2026.

TV UNAM. 2025. ¿Quiénes somos los mexicanos? Arqueología Mexicana. Consultado 05/05/2026.

Wielgus K, Danielewski M, Walkowiak J. (2023). Svante Pääbo, reader of the Neanderthal genome. Acta Physiol (Oxf). 237(1):e13902. doi: 10.1111/apha.13902.

Zolezzi I.S., et al. (2009). Analysis of genomic diversity in Mexican Mestizo populations to develop genomic medicine in Mexico. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 106(21):8611-8616, https://doi.org/10.1073/pnas.0903045106.